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新会社法が施行されれば現在の有限会社は法律上は株式会社である「特例有限会社」になります。ややこしいのですが、「有限会社○○」というのが商号になり、登記上の正式名称は「株式会社　有限会社○○」となるのです。

要は今のまま有限会社を名乗ることも出来ますし、株式会社に変更することも出来ます。有限会社のままでいるかどうかはそれぞれの会社の判断となります。

違いというと、有限会社の場合は取締役の任期を定めなくてもOKなので若干登記費用が安くなると言うことくらいでしょうね。