良いとこずくめの制度ですが、当然良いことばかりではありません。

まず、出資は金銭でしか認められません。物での出資は出来ません。また、利益を分配するときですが、出資の払い戻しに制限が行われます。
そして、一番大きな問題ですが、明確なビジョンがないとなかなか融資が受けられないと言うことです。お金を貸す方としては有限責任＝それ以上の資金の回収が計れないといいことですから。

ただ、現状の実務を見ると中小企業が融資を受けるときは、ほぼ会社の社長が個人補償を行っている現状を見ると、融資が受けられにくいと言う点は他の形態と変わらないのかもしれません。

他にLLCの将来株式公開するときにデメリットがあります。
株式公開はその名の通り株式会社でないと公開できません。したがってLLCを株式会社にかえなければなりません。（これを組織変更と言います）この場合LLCは出資者全員の同意を持って株式会社に組織変更を行うと言ったワンステップが必要になります。

後は、新しい名前なので会社と思われないかも知れませんね。